Nhận thức được tầm quan trọng của cuộc chiến chống HIV/AIDS tại Việt Nam, ngay từ đầu Hiệp định (đầu năm 2003), Chương trình Hợp tác Y tế Việt Nam Thụy Điển đã định hướng cần lồng ghép nội dung về HIV/AIDS vào mọi hoạt động có thể của Chương trình. Văn phòng Quản lý và Điều phối chương trình đã chủ động đưa ra phương hướng, gợi mở kế hoạch lồng ghép HIV/AIDS vào các hoạt động trong khuôn khổ chương trình. Từ đó, vấn đề lồng ghép HIV/AIDS trở thành một nội dung chính thức được đưa ra thảo luận trong các cuộc giao ban hàng tháng, quí và các hội thảo xây dựng kế hoạch để tìm ra phương thức lồng ghép tối ưu nhất. Văn phòng Quản lý Chương trình cũng thường xuyên đôn đốc, giám sát, hỗ trợ các Dự án thành phần trong công tác này.