Kế hoạch được ban hành đã thông qua nội dung và lộ trình thực hiện việc áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001:2000 để nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước của Bộ Y tế thông qua việc xây dựng các quy trình xử lý công việc một cách khoa học, hợp lý, cải tiến cải tiến cách thức và phương pháp làm việc để rút ngắn thời gian công việc và giảm chi phí, tạo điều kiện thuận lợi cho cán bộ công chức hoàn thành nhiệm vụ được giao, giúp cán bộ, lãnh đạo kiểm soát được quá trình giải quyết công việc trong phạm vi thẩm quyền quản lý của mình.
          Theo kế hoạch, từ tháng 8/2006 đến tháng 10/2006, bốn đơn được giao nhiệm vụ thí điểm áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001:2000 giai đoạn I là Văn phòng Bộ, Vụ Tổ chức cán bộ, Cục An toàn vệ sinh thực phẩm và Cục Quản lý Dược Việt Nam sẽ tập trung vào dự thảo và thông qua 8 văn bản của hệ thống , hai Quy trình tác nghiệp chung của bốn đơn vị, và 65 quy trình tác nghiệp riêng của bốn đơn vị.
          Đến 31/10/2006, bốn đơn vị sẽ thông qua số lượng các quy trình tại đơn vị mình. Với tư cách là đơn vị thường trực Ban Chỉ đạo Cải cách hành chính của Cơ quan Bộ Y tế, Văn phòng Bộ sẽ báo cáo kết quả thực hiện Kế hoạch tại từng đơn vị thí điểm để rút kinh nghiệm triển khai các đơn vị còn lại của Cơ quan Bộ Y tế.
Tiểu dự án Cải cách hành chính

Tham khảo:
8 văn bản của hệ thống:
   1.Chính sách chất lượng
   2.Mục tiêu chất lượng
   3.Rà soát và cập nhật chức năng, nhiệm vụ của bốn đơn vị
   4.Quy định cơ cấu tổ chức, phân công nhiệm vụ trong từng phòng ban của bốn đơn vị
   5.Sổ tay chất lượng
   6.Quy trình Quản lý tài liệu
   7.Quy trình quản lý hồ sơ
   8.Quy trình kiểm tra, đánh giá và cải tiến Hệ thống quản lý chất lượng
2 quy trình tác nghiệp:
  1.Quy trình xử lý công văn đi và công văn đến
  2.Quy trình Tổng hợp và lập báo cáo định kỳ, báo cáo đột xuất về đánh giá
     tình hình hoạt  động của ngành y tế